世界卫生组织与中国的合作关系良好，中国积极支持世界卫生组织开展工作。

中国是世卫组织的创始国之一。

1945年4月25日至6月26日，在旧金山召开的联合国成立大会上通过的“联合国宪章”中只字未提卫生工作的内容，也没提及要建立一个国际卫生机构。施思明是参加旧金山会议的中国代表团团长宋子文的秘书，注意到这个细节，从而引发了世界卫生组织的诞生。中国代表施思明会同巴西代表苏札，提交的“建立一个国际性卫生组织的宣言”，为创建世界卫生组织奠定了基础。

1972年5月10日，第25世界卫生大会通过决议，恢复了中国在世界卫生组织的合法席位。此后，中国出席世界卫生组织历届大会和地区委员会会议，被选为执委会委员，并与世界卫生组织签订了关于卫生技术合作的备忘录和基本协议。1978年10月，中国卫生部长和世界卫生组织总干事在北京签署了“卫生技术合作谅解备忘录”，这是双方友好合作史上的里程碑。1981年世界卫生组织在北京设立驻华代表处。1991年中国卫生部部长陈敏章被世卫组织授予最高荣誉奖“人人享有卫生保健”金质奖章，他是被授予此奖的世界第一位卫生部长。

中国与世界卫生组织召开过18次技术合作协调规划会议，世界卫生组织向中国提供的各种援助约9600万美元。1981年世界卫生组织在北京设立驻华代表处。

针对台湾参与世界卫生组织的要求和愿望，经两岸有关方面沟通协调，中国政府同意台湾以世卫组织观察员的身份，以“中华台北”的名义加入世卫组织。2009年4月，世界卫生组织总干事陈冯富珍致函邀请中华台北卫生署以观察员身份出席2009年5月18日至27日在日内瓦举行的第62届世卫组织大会。

中国的世界卫生组织（WHO）合作中心已达69个，其数目之多位居世界卫生组织西太平洋地区国家之首。现有的合个学科30余个专业。世界卫生组织合作中心作为中国与世界卫生组织开展卫生技术合作的窗口，在促进国际、国内卫生技术交流、人员培训等方面发挥了积极的辐射和示范作用，是卫生保健目标的一支重要力量。

2017年7月5日下午，世界卫生组织向中国政府颁发“社会健康治理杰出典范奖”，以纪念中国爱国卫生运动开展65周年，表彰爱国卫生运动取得的辉煌成就。

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