欧洲中世纪时期，众多科学家被基督教迫害，残酷至极。基督教对科学产生深刻影响，如今文明的欧洲人也有一个残酷的历史。自从公元312年君士坦丁宣布合法化基督教后，基督徒就从被迫害者变为迫害者。他们敌视一切不合乎圣经的东西，包括部分新思想及科学等。历史上就有很多伟大的思想家及科学家被基督徒迫害。到中世纪，更出现罗马教廷的“宗教裁判所”及加尔文的“宗教法庭”等合法机构迫害所谓的“异端”。但在另一方面，教会也相当重视古代知识的传承以及教育，欧洲有许多大学是在教廷资助下建立的。

1、哥白尼：波兰著名天文学家，著有《天体运行论》，遭到教会残酷迫害。1543年5月20日病逝。

2、坚持哥白尼“日心说”的布鲁诺，先被投入监狱，当他听完宣判后，面不改色地对这伙凶残的刽子手轻蔑地说：“你们宣读判决时的恐惧心理，比我走向火堆还要大得多。”后于1600年2月17日在罗马鲜花广场被烧死。

3、希柏提亚（375-415）是史上第一个为人所知的女数学家。吉朋在《罗马帝国衰亡史》中叙述时说：“她由车上被拉下来，剥脱衣服到一丝不挂，被拖至教堂，为一群野蛮而无人性的狂徒，用尖利的蚝将她的肉由骨上剥削下来，手脚砍下，抛掷火焰之中。

4、伽利略：意大利著名物理学家、天文学家。因捍卫科学真理，于1633年被宗教裁判所迫害，1642年不幸病逝，其时已双目失明。

5、科学家帕利西因说化石是动物的遗体而不是“造物主的游戏”，被“宗教裁判所”判处死刑。

6、塞尔维特在《基督教信仰的复兴》一书中提出血液循环的见解，被烤两个多小时后死去。

7、比利时生理学家维萨留斯，由于出版了解剖学著作《人体结构》，于1564年被迫去圣地——耶路撒冷作忏悔，归途中遇难。

8、阿莫里：巴黎大学教授，1210年，因宣扬泛神论被死后追审，墓穴被挖，十个弟子全部被处决。

9、西克尔：巴黎大学教授，因在物理研究上有所谓异端言论，被教会活活打死。